控制结垢有缓解、消除结垢和除垢2种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行消除。

普通的除垢方法分化学方法和物理方法。化学除垢处理是采用化学剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落，具体的方法有碱洗、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。

化学除垢处理的药剂费用较高，而且，如果除垢处理不当会使设备和管道产生腐蚀，影响设备的使用寿命。另外，化学除垢剂用过后要进行处理，否则造成环境污染。

物理除垢方法有高压水冲洗、胶球清洗、沙冲洗、气冲洗、超声波清洗等，这些物理方法都不适合太阳能热水系统的除垢。因为物理除垢通常要中断系统运行，拆除部分管道和设备，费工费时，有时会损坏管道和设备。

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